部分地方存在债务风险
审计结果表明，审计调查地区的政府性债务有96%用于交通运输、市政建设等公益性项目，但地方财政和政府性债务管理还不够严格和规范，尤其是地方政府性债务形成时间长，总体规模大，历史遗留债务负担仍比较重。
审计调查的18个省、16个市和36个县本级截至2009年底，政府性债务余额合计2.79万亿元。审计报告指出，部分地方政府偿债压力较大，存在一定的债务风险。上述地方政府性债务中，政府负有直接偿债责任、担保责任及兜底责任的债务分别为1.8万亿元、0.33万亿元和0.66万亿元，分别占债务总额的64.52%、11.83%和23.65%。
从债务余额与当年可用财力的比率看，省、市本级和西部地区债务风险较为集中，有7个省、10个市和14个县本级超过100%，最高的达364.77%。从偿债资金来源看，2009年这些地区通过举借新债偿还债务本息2745.46亿元，占其全部还本付息额的47.97%，财政资金偿债能力不足。
发现未征794亿非税收入
在对地方财政的审计中，发现存在对地方预决算编报和税费管理不够严格，有的地方财政资金管理分散的问题。
审计调查的17个省区市2008年1月至2009年6月，应征未征非税收入等794.16亿元，有的地方还自定政策向企业或个人返还税费130.36亿元。这些地方省本级财政部门除国库存款账户外，在商业银行开设账户1197个，其中应清理归并的账户有920个，平均每个省50多个，这种分散存储状况，不利于财政资金的统筹管理和使用。
刘家义表示，审计指出上述问题后，有关部门和地方制定了整改措施，核实调整了预决算报表，已追缴入库非税收入714.67亿元，撤销合并银行账户100多个，正在研究完善政府性债务管理办法。
昨日，全国人大财经委在2009年中央决算审查结果的报告中要求，科学界定政府债务口径，核实并向全国人大常委会报告政府债务情况。地方政府举借债务应按照法律规定执行，并报同级人大审批。规范政府投融资行为，建立政府债务信息披露制度。完善政府债务偿还机制，落实偿债责任，严格控制债务规模，防范财政风险。
【主要问题】
危旧房改建项目进展缓慢，预算资金闲置5066.63万元。截至2009年底，财政部2006年以来安排的三里河二区一号办公业务用房危旧房改造资金累计5477万元，实际仅支出410.37万元，其初步设计投资概算尚未得到批复。决算（草案）中未调整重复事项，多计收支各100万元。
2009年，财政部办公厅拨给部离退休干部局老干部活动经费100万元，列入了部本级决算收支；部离退休干部局上报的决算收支中也包括上述收支事项。但办公厅在汇总部门决算时将其重复列报，造成多计收入和支出各100万元。所属中华会计函授学校在2009年度基本支出预算中，编列了300万元农村财会培训经费项目支出。
2009年，所属会计资格评价中心向山东山大鸥玛有限公司支付会计专业技术资格考试技术服务费共104.80万元，未按规定实行政府采购。
【整改情况】
目前，部分问题已经整改。对危旧房改建项目进展缓慢的问题，正在积极协商发展改革委尽快批复该项目初步设计及投资概算；对投资评审中心未按规定在决算中填列以前年度财政拨款结余和事业结余、离退休干部局在往来账款核算补贴款少计收支的问题，已责成相关单位按照规定进行账务处理。
教育电视台假发票报账 教育部
【主要问题】
2008年12月，教育部在已拨付中国高等教育学会万种新教材建设项目经费80万元的情况下，又向该会下达并拨付该项目预算资金80万元，重复安排的资金滞留中国高等教育学会。
2009年，所属中国高等教育学会、中国农业大学等单位通过虚列会议费等方式，套取财政资金2190.20万元，用于发放工作人员津贴补贴等。2008年至2009年，所属基础教育课程教材发展中心、中国农业大学等单位扩大项目经费开支范围，在财政专项资金中计提管理费等与项目开支内容无关的费用643.51万元。
2008年至2009年，所属中国教育电视台未经批准动用西部教育专项结余资金642.38万元，列支人员薪酬等与本项目无关的支出；2009年，中国教育电视台向部分负责人员发放特别贡献奖23.77万元，全部用假发票或与规定不符的婚宴餐费、亲属的机票等报账。
【整改情况】
对重复拨付项目经费的问题，已全额追回；对所属单位和直属高校套取财政资金的问题，开展了清退工作，目前已追回了375万元；对所属单位和直属高校扩大项目经费开支范围、中国教育电视台未经批准动用西部教育专项结余资金的问题，有关单位已调整了账目和报表。
【主要问题】
2009年，公安部在基本支出中列支114.87万元，用于“绿化基地改造”和“公安部新办公大楼工程九层屋顶花园绿化工程”项目支出。
接受不符规定的发票报销工程款1877.49万元。2006年和2009年，公安部两次收到“丰台住宅楼”项目负责人提供的开票单位与发票领购单位不符的发票，并据此报销工程结算款1804.49万元；2009年，公安部收到“应急储备物资仓库中央直属总库室外土石方工程”项目负责人提供的开票单位与发票领购单位不符的发票1张，并据此报销工程结算款73万元。
截至2009年底，所属中国人民公安大学收取的学费和住宿费等2044.43万元未及时上缴；2009年，中国人民公安大学在往来账中核算科研经费、系部经费等收支，造成少计收入1783.9万元和支出1744.8万元；将尚未支付的招待费115.07万元计作了支出。
【整改情况】
对固定资产未入账的问题，已召集相关单位查找原始资料，协商整改办法；对扩大范围支出的问题，公安部科学技术信息研究所已调整了部分账目。对少计收支的问题，中国人民公安大学已调整了账目。其他问题正在进一步整改中。
所属单位少计收入7218万 发改委
【主要问题】
在所属机关服务中心列支本级行政单位人员津贴补贴660万元，未计入本级支出。以拨代支导致多计项目支出170.1万元。2009年12月，发展改革委在向所属价格监测中心拨付委托培训项目经费170.1万元时，直接列作了支出，至年底，上述资金实际全部未支出。
2009年，所属能源研究所通过“其他应付款”、“合同预收款”等往来科目核算部分课题经费收支，造成少计收入7218.26万元、少计支出5838.58万元。
2008年以来，经济体制与管理研究所未经批准对外出租部分房屋和场地，至2009年底收到租金共117万元。所属价格监测中心等5家单位2009年的课题经费支出原始凭证中，有49张虚假发票，金额46.99万元。
【整改情况】
对能源研究所少计收支的问题，已调整了账目；对经济体制与管理研究所收入挂账、未经批准对外出租固定资产的问题，已调整了账目，近期将补办固定资产出租报批手续。对所属单位使用假发票的问题，提出将加强财务管理和监督，避免此类问题再发生。
【主要问题】
使用不合规定票据报账1915.26万元。2006年至2009年，人力资源和社会保障部作为报账凭证的发票中，有不合规定的发票11张，报账金额合计258.31万元；开票单位与实际收款单位不一致的发票报账金额合计1493.82万元。所属社会保障能力建设中心、中国社会保险学会和中国人事科学研究院作为报账凭证的发票中，虚假发票报账金额合计163.13万元。
2006年至2008年，原劳动部在举办中国社会保障论坛中，向12家单位收取赞助费共计3190.6万元。
2009年，所属全国人才流动中心取得行政事业性收费收入1629.84万元，仅上缴国库922.19万元，其余707.65万元直接作为本单位经营服务性收入。
【整改情况】
对发票报账中的问题，已清理收回部分资金，索取真实发票更换了部分假发票；对违规收取赞助费的问题，已按审计处理意见整改；对少计公用经费支出的问题，正在调整账目和报表，委托企业管理的入围费已收回。其他问题正在进一步整改。
广科院违规发津贴1197万 广电总局
【主要问题】
所属无线局存在的问题。2009年，无线局所属的33个单位挤占项目经费13551.41万元，用于弥补人员经费等基本支出不足。2009年，无线局在卫星转发器租金项目结余足够当年使用的情况下，申报该项目预算800万元，年底全部结余。
2007年至2009年，所属广科院在项目支出中超范围列支人员津贴补贴、招待费等共计590.09万元。广科院超出规定的标准发放津贴补贴1197.26万元。广科院将拆迁补偿款等收入放在往来账核算，造成2009年决算（草案）少反映结余466.59万元。
2008年，广播影视信息网络中心国有股权转让收入76188.85万元未纳入预算管理。2009年，中央人民广播电台取得价值3240万元的房产未纳入单位法定账册统一核算。
【整改情况】
对审计发现的问题，广电总局正在组织进行整改，还研究制定了《清理规范事业单位所办企业专项工作方案》，从2010年5月起开始为期两年的清理规范专项工作，进一步加强对所属事业单位的监督和管理。